Впервые упоминается Котор с 168 года до н. э.. В те времена он был известен как «Акрувиум», «Аскрувиум» или «Аскривиум», и относился к древнеримской провинции Далмация.
В I веке н. э. город упоминается у Плиния Старшего, как «Аскривиум» (Askrivium)[5], а во II веке — у Птолемея, как «Аскруйон» (̉Ασκρούϊον).
Во времена византийского правления Котор носил название «Декадерон», «Декатерон» или «Декатера» (от древнегреческого «katareo» — «богатый горячими источниками»). Хотя есть и другая версия происхождения названия. Византийский император Константин VII Порфирогенет (Багрянородный) в X веке пишет в своем труде «Об управлении империей»: «Название города „Декатера“ на языке римлян означает „суженный и окруженный“, поскольку морской залив врезается в сушу в виде языка на 15 или 20 миль, а сам город находится на его конце.»
В 535 году, после изгнания готов, византийский император Юстиниан построил над городом крепость. Второй город, называемый «нижним», по сообщению Константина Багрянородного, возник на холмах вокруг в X веке.
В 1241 году, в ходе вторжения татаро-монголов в Европу, одна из армий Орды под руководством Кадана, внука Чингиз-хана, осадила Котор и сожгла его, однако город быстро оправился.
Турки были очень упорны в стремлении захватить Котор, так как контроль над ним позволял контролировать всю Боку Которску. Однако, несмотря на неоднократные попытки, город так и не был завоеван, в отличие от Рисана или Херцег-Нови.
В 1539 году один из лучших турецких флотоводцев адмирал Хайруддин Барбаросса с 70 кораблями и 30000 солдатами осадил город с моря, однако после четырех дней осады был вынужден отступить.
В 1571 году турецкий флот под командованием Али-паши Муэдзин-Заде, который позднее был разбит у Лепанто, осаждал Котор с 9 по 16 августа, но успеха не имел.