Первое поселение на территории Гаваны было основано испанцами в 1519 году. В 1555 году, когда город ещё не был достаточно укреплён, на него напал французские пираты во главе с Жаком Сорэ.
После этого у входа в бухту были построены крепости: на восточном берегу — Эль-Морро (1589—1630) и маяк (1845), на западном — Ла-Кабанья, Ла-Пунта и Ла-Фуэрса (1555—1577). Благодаря своим укреплениям, Гавана стала относительно безопасным портом в Карибском море.
Основой крепости служат три бастиона и маяк. Бастион защищает вход в гавань в самом узком месте Гаванской бухты. Строился в 1589–1630-х годах по приказу короля Испании Филиппа II под пристальным руководством военного инженера Хуана Батиста Антонельи и при финансовой поддержке губернатора Хуана де Техеда. Имеет форму неправильного многоугольника и таким образом отлично вписывается в окружающий ландшафт, являясь как бы естественным продолжением скал.
Однако спустя полтора века после строительства Эль-Морро не устоял, и Гавана была захвачена англичанами, правда, годом позже ее вернули Испании в обмен на Флориду.